系统生物学
2020年春季学期, 系统生物学, 课号: 17023303; 时间: 周二第3、4节(10:00-11:35); 上课地点: 生命学院机房(医学楼405室)
总复习 (6月16日)
slide file for download (总复习ppt)。第一章: 概论; 第二章: 基因组学I (3月3日)
slide file for download (概论)。
slide file for download (基因组学I)。
发现三联密码子的三篇文章，其中第三篇的工作获得了1968年的Nobel Prize。
PNAS, 1962, 48:2087-94
PNAS, 1963, 49:116-22
PNAS, 1965, 53:1161-8
下面这篇是讲密码子起源顺序的文章。
Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, 2004, 22(1):1-11
感兴趣的同学可以下载这些文章来阅读。
第三章: 基因组学II (3月10日)
第四章: DNA变异I (3月17日)
第五章: DNA变异II (3月24日)
第六章: 表观基因组学I (4月7日)
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关于哺乳动物发育中的DNA甲基化变化、组蛋白修饰、核小体定位与基因调控的综述文章。
Science, 2001, 293:1089-93
Cell, 2007, 128: 693–705
Cell, 2007, 128:707–719
Nat Rev Genet, 2009, 10:161-72
感兴趣的同学可以下载这些文章来阅读。
上机II: 练习全基因组DNA甲基化(WGBS)数据分析与结果解读 (4月14日)
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第七章: 表观基因组学II (4月21日)
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2016.Illumina_Sequencing_by_Synthesis_(Now_in_3D).flv
2013.Illumina_Sequencing_Technology.flv
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算法：TSS附近核小体的分布；
第八章: 宏基因组学 (4月28日)。
slide file for download (TSS附近核小体的分布)。
slide file for download (宏基因组学)。
第九章: 3D基因组学(5月9日)
劳动节调整，原5月5日的课调到5月9日（周六）。
slide file for download (3D基因组学)。slide file for download (小鼠核移植胚胎发育中高级染色质结构重塑)。
第十章: 转录组学 (5月12日)
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关于RNA-seq分析的综述文章、Direct RNA sequencing、Strand-specific RNA sequencing的文章。
RNA-seq分析的综述文章 Nature Methods Supplement, 2009, 6:S22-S32
Direct RNA sequencing文章 Nature, 2009, 461:814-8
Strand-specific RNA-seq综述文章 Current Genomics, 2013, 14(3):173–81
Direct Strand-specific deep sequencing的文章 Genome Research 2010, 20:989–99
感兴趣的同学可以下载这些文章来阅读。
上机III: microRNA分析 (5月19日) RNAi视频
第十一章: 表观转录组学 (5月26日)
slide file for download (RNA编辑)。
slide file for download (RNA修饰)。
第十二章:蛋白质组学 (6月2日)
slide file for download (蛋白质组学)。
第十三章:相互作用组学; 上机IV:
绘制基因调控网络 (6月9日)
slide file for download (相互作用组学)。第十四章: 单细胞测序组学 (6月16日)
6月23日考查
作业
作业1: 决策树 [5 points]
作业2: 用权重矩阵方法来找motif [10 points]
作业3: 核小体在TSS附近的分布 [15 points]
