一、检查测序数据质量（验货一定要仔细）
1、建立工作目录和其他相关目录（略）
work_dir=/home4/sjshen/project/m6a/GSE29714_Cell
mkdir $work_dir
cd $work_dir
mkdir 0.0_fastq
mkdir 0.1_fastqc
mkdir 0.2_fastq_cut
mkdir 0.3_fastqc_cut
mkdir 1.1_hisat2
mkdir 1.2_bwa
Tips:在shell编程中，$ 符号意味着变量，是最常用符号之一
2、下载公共数据（略）
根据文献找到数据下载地址 GSE29714 SRP007335
wget -i download_list.txt 即可下载
3、解压公共数据（略）
cd ./SRA
for i in *.2
do
echo $i
mv $i ${i/.2/.sra}
done
#--------------------------------------------------------------------
for i in *.sra
do
echo $i
nohup fastq-dump --gzip --split-3 $i -O ../0.0_fastq > ${i}.log &
done
Tips1:在shell编程中，for循环是常用函数之一，需配合 do 和 done 使用 Tips2:在shell编程中，echo非常重要，他就是”print“！ Tips3:在shell编程中，* 是通配符，非常重要，学习正则表达式（你会打开新世界的大门），另外 * 也要谨慎使用（rm -rf * 你懂得） Tips4:fastq-dump是最常用的公共数据解压软件，隶属于sra-toolkit(ncbi)，其中–gzip;–split-3（最实用参数）;-O 等参数较常用 Tips5:nohup可以将标准输出写到一个文件中以便复查，&表示放后台（可配合fg/bg命令，和Ctrl+Z/Ctrl+C等）
4、重命名数据（不要怕烦，不然你会后悔的o(╥﹏╥)o）
fastq_dir=$work_dir/0.0_fastq
echo $fastq_dir
cd $fastq_dir
mv SRR496283.fastq.gz C57BL6_Brain_Sample_1_MeRIP-SYSY.fastq.gz
mv SRR496284.fastq.gz C57BL6_Brain_Sample_1_Non-IP_Control.fastq.gz
mv SRR496285.fastq.gz C57BL6_Brain_Sample_2_Non-IP_Control.fastq.gz
mv SRR496286.fastq.gz C57BL6_Brain_Sample_2_MeRIP-NEB.fastq.gz
mv SRR496287.fastq.gz C57BL6_Brain_Sample_2_MeRIP-SYSY.fastq.gz
mv SRR494613.fastq.gz HEK293T_Sample_1_Non-IP_Control.fastq.gz
mv SRR494614.fastq.gz HEK293T_Sample_1_MeRIP-SYSY.fastq.gz
mv SRR494615.fastq.gz HEK293T_Sample_2_Non-IP_Control.fastq.gz
mv SRR494616.fastq.gz HEK293T_Sample_2_MeRIP-SYSY.fastq.gz
mv SRR494617.fastq.gz HEK293T_Sample_3_Non-IP_Control.fastq.gz
mv SRR494618.fastq.gz HEK293T_Sample_3_MeRIP-NEB.fastq.gz
Tips:基于GEO数据库和SraRunInfo.csv修改
5、测序原始数据质控
fastq_dir=$work_dir/0.0_fastq
cd $fastq_dir
for i in *.fastq.gz
do
echo $i
(nohup fastqc -o ../0.1_fastqc -f fastq ./$i >../0.1_fastqc/${i}.fastqc.log) &
done
#--------------------------------------------------------------------
fastqc_dir=$work_dir/0.1_fastqc
cd $fastqc_dir
multiqc -d ./ -dd 5 -n 1.fastq_qc
Tips1:fastqc是最常用的质控软件，由babraham出品，这家机构是个宝，你这辈子绕不过他的，参数非常简便 fastQC真的很fast
Tips2:multiqc这款软件是集成可视化各类质控的软件，特别好用，一起来解读一下结果 mutiqc真的很multi